Aproximadamente hacia la época del 4.000 A.C, la región fue continuamente poblada por comunidades de recolectores que construyeron las primeras habitaciones, de formas circulares, abandonando entonces las cuevas; se ubicaron en quebradas, cerca de ríos como el San Pedro, Vilama, Puripica, o en las confluencias del Loa.

Estas gentes, que desarrollaron básicos utensilios en piedra, como puntas de proyectiles y cuchillos, son los "abuelos" de la Cultura de San Pedro de Atacama, ya que ellos, al desarrollar ritos funerarios, crear petroglifos, realizar vasijas de cerámicas y perfeccionar los procedimientos agrícolas y ganadores, permitieron la transición desde un tipo de vida nómade hacia un sistema que explotaba racionalmente los recursos naturales.La Cultura de San Pedro de Atacama tiene sus inicios cerca del año 500 A.C.

Es un asentamiento que consiguió transformar los oasis en áreas de cultivo, a través de importantes obras de regadío; además, a través de caravanas de personas con llamas y cargas provenientes desde el altiplano (hoy en día perteneciente a Bolivia), se generó un contacto cultural que introdujo las cerámicas rojas y negras pulidas, entre otros tipos de alfarería.

Luego, sobrevino la conquista incaica, cuyo centro político y religioso estaba en la ciudad de Cuzco, en Perú. Este evento, acaecido desde mediados del siglo XV (1450 D.C) significó una sumisión más política que cultural; San Pedro de Atacama continuó con sus rasgos característicos, asimilando algunas cosas de los Incas, pero sin absorber totalmente su modelo cultural...mantuvo, aunque con interferencias, sus propios valores sociales.Menos de cien años después, se inició el dominio español, primero con la entrada de Diego de Almagro en 1536, y principalmente, con las tropas de Pedro de Valdivia cuatro años más tarde.

Las guerras, el trabajo forzado, y las nuevas enfermedades hicieron merma en el señorío Atacameño, provocando profundos cambios en todos los aspectos culturales.De este modo, casi 2.000 años de desarrollo se fueron diluyendo en sólo 300 años de dominio colonial.Hoy en día, algo más de 3.000 campesinos descendientes de esta cultura sobreviven distribuidos en una decena de pueblos y lugares.